Die Freie Comenius Schule erhält nach dem Ersatzschulfinanzierungsgesetz Zuschüsse vom Land Hessen und von der Stadt Darmstadt. Um die Finanzierung sicherzustellen werden zusätzliche Elternbeiträge erhoben. Diese sind u.a. erforderlich, damit wir den günstigen Lehrer-Schüler-Schlüssel an der Freien Comenius Schule gewährleisten können.
Das Schulgeld wird nach dem Einkommen gestaffelt und von einer unabhängigen Stelle, der Allgemeinen Prüfungs- und Beratungsgesellschaft, berechnet.